リポジトリとは、各大学や研究機関が運営する自機関の研究成果公開サイトです。富山大学ではToRepoという名前で運営しています。
→詳しくはコチラ
リポジトリは、日本に限らず世界規模で広がっています。日本では、文部科学省がリポジトリを通しての論文・研究成果の公開を推進しています。
（参考）
文部科学省「第8期学術情報委員会」
http://www.mext.go.jp/b_menu/shingi/gijyutu/gijyutu4/036/index.htm
文部科学省「学術情報のオープン化の推進について（審議まとめ）その2」
http://www.mext.go.jp/component/b_menu/shingi/toushin/__icsFiles/afieldfile/2016/04/08/1368804_2_1_1.pdf

検索BOXやインデックスツリー等の近くに青色のはてな「？」アイコンがあります。
クリックすると使い方マニュアルが表示されます。

利用者の判断によります。
利用したいコンテンツ（論文）が「著者最終稿」（著者版フラグ：author）の場合、出版社等の編集を受けていない不完全なものになるので、引用・転載する場合は、「出版社版」を利用することが望ましいです。
論文の掲載誌名等の投稿書誌情報は論文詳細画面に記載していますので、そちらから出版社版にあたってください。
→著作権についてもご確認ください。

WorldCatで世界中の図書館資料・リポジトリに掲載された論文を一括検索できます。
国内限定であれば、JAIRO,CiNii Articlesで一括検索できます。
もちろん、GoogleやYahoo!等の検索エンジンでも検索できます。

PubMedやWeb of Science等からは検索できません。
CiNii,WorldCat,Google Scholar等からは検索可能です。